Родился в посёлке Сараи Рязанской области, среднюю школу окончил в р.п. Ухолово и Рязанский педагогический институт. Работал учителем на Дальнем Востоке, в Рязанской области, тележурналистом в Туркмении, редактором в издательстве «Современник» в Москве.
Стихи С. Агальцова публиковались в журналах «Новый мир», «Наш современник», «Москва», «Молодая гвардия», «Роман-журнал XXI век», альманахах «Поэзия» и «День поэзии», других периодических изданиях.
Автор сборников «Утренний просёлок», «Шиповник», «Русская печаль», «Лирика».
Стихи Сергея Агальцова включены в антологию «Русская поэзия. XX век» и «Антологию русского лиризма. XX век »